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近红外光谱结合支持向量机对STR基因座的化学模式识别分型
作者: 郭莉萍 [1,2] ; 徐容 [1] ; 任丽 [1] ; 何晓丽 [1] ; 姚敏 [1] ; 贺华兰 [1] ; 谢洪平 [1]
关键词: 近红外光谱 支持向量机 短串联重复序列 基因型
摘要：利用近红外光谱（NIRS）结合支持向量机（SVM）模式识别原理建立了微卫星（短串联重复序列，STR）的分型方法。以D16S539基因座的10-10、10-11和11—113种不同基因型为例，研究了包含该多态性位点的脱氧核糖核酸（DNA）片段的聚合酶链反应（PCR）扩增条件和NIRS检测条件，建立了标准化扩增条件和检测条件，以此条件获得了基因分型的标准物及其标准NIRS。以标准光谱为识别变量，建立该3类基因型的SVM判别模型，有效地克服了光谱共线性，并对少样本数表现出良好的稳定性，模型预测率100％。该方法不需任何检测前处理，而只需一步PCR扩增和NIRS检测即可实现STR分型，具有简单、快速、低成本等优点。